Γεννήθηκε το 1848 στο Βραχάσι και ήταν γιος του οπλαρχηγού Κωνσταντίνου Σφακιανάκη, ο οποίος κατά την Κρητική Επανάσταση του 1866 είχε αναλάβει την επαναστατική διοίκηση των έξι ανατολικών επαρχιών του νησιού. Ο Ιωάννης Σφακιανάκης σε ηλικία 18 ετών πολέμησε στο πλευρό του πατέρα του σε πολλές, σκληρές αλλά και νικηφόρες μάχες (μάχη Κασταμονίτσας, μάχη Οροπεδίου, μάχη Βρυσών). Η επανάσταση του 1866 που οδήγησε στον «οργανικό νόμο» («Χάτι Χουμαγιούμ») του 1868, η ήττα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στον Β΄ Ρωσοτουρκικό πόλεμο και η υπογραφή της συνθήκης του Βερολίνου το 1878, δημιούργησαν τις ικανές συνθήκες για παραχώρηση καθεστώτος ημιαυτονομίας στην Κρήτη. Ο Ιωάννης Σφακιανάκης ανέλαβε σε ηλικία 30 ετών τον κεντρικό ρόλο εκπροσώπησης των Κρητών στις διαπραγματεύσεις με την Πύλη. Οι διαπραγματεύσεις οδήγησαν στην Συνθήκη της Χαλέπας τον Οκτώβριο του 1878. Σύμφωνα με αυτήν, ο Διοικητής της νήσου έπρεπε να είναι Χριστιανός, ή να έχει σύμβουλο Χριστιανό, ενώ διπλασιάστηκαν οι έδρες των Χριστιανών στην «Γενική των Κρητών Συνέλευση» δηλαδή στην Κρητική Βουλή κατά την περίοδο της ημιαυτονομίας. Η επιτυχία της διαπραγμάτευσης οφείλεται κατά κύριο λόγο στον Ι. Σφακιανάκη, το όνομα του οποίο έγινε γνωστό σε όλη την Κρήτη.
Η έμπρακτη αναγνώριση της πολιτικής του αξίας συντελέστηκε με τον πιο απτό τρόπο το 1897, όταν ο τότε Πρόεδρος της Κρητικής Συνέλευσης Ελ. Βενιζέλος κάλεσε τον Σφακιανάκη να κατέβει από την Αθήνα και να αναλάβει την Προεδρεία της Συνέλευσης, λόγω των έντονων διαφωνιών και διενέξεων που είχαν ξεσπάσει στο εσωτερικό της. Έτσι, τον Οκτώβριο του 1897 οι 88 πληρεξούσιοι της Κρητικής Συνέλευσης εκλέγουν Πρόεδρο τον Ι. Σφακιανάκη σε πανηγυρικό κλίμα σε συνεδρίαση που συνήλθε στο Μελιδόνι Μυλοποτάμου. Τον Ιούλιο του 1898 η Κρητική Συνέλευση αποφασίζει την συγκρότηση Εξαμελούς Εκτελεστικής Επιτροπής για να αναλάβει την προσωρινή διοίκηση του νησιού. Πρόεδρος της Επιτροπής ορίστηκε ο Ι. Σφακιανάκης και μέλος της υπήρξε και ο Ελ. Βενιζέλος. Η εξαμελής εκτελεστική επιτροπή αποτέλεσε το πρώτο Υπουργικό Συμβούλιο της Κρήτης, ενώ ο Ι. Σφακιανάκης θεωρείται ο πρώτος Πρωθυπουργός.
Τον Νοέμβριο του 1898 μετά τις σφαγές του Ηρακλείου ο τουρκικός στρατός αναγκάζεται από τις προστάτιδες δυνάμεις να εγκαταλείψει το νησί, παραχωρείται πλήρης αυτονομία και τον Δεκέμβριο του 1898 αναλαμβάνει Ύπατος Αρμοστής του νησιού ο δευτερότοκος γιος του Βασιλιά της Ελλάδας Πρίγκιπας Γεώργιος. Με την πρώτη του απόφαση, ο πρίγκιπας Γεώργιος συγκροτεί 16μελη επιτροπή για να επεξεργαστεί και να εισηγηθεί σχέδιο Συντάγματος της Κρητικής Πολιτείας. Πρόεδρος της επιτροπής ορίζεται ο Ι. Σφακιανάκης, ενώ μέλος της είναι και ο Ελ. Βενιζέλος. Το Σύνταγμα καταρτίζεται μέσα σε ένα μήνα και στις 24 Ιανουαρίου 1899 διεξάγονται οι πρώτες εκλογές για την ανάδειξη των πληρεξούσιων της Κρητικής Βουλής. Από τις εκλογές αυτές εκλέγονται 138 Χριστιανοί και 50 μουσουλμάνοι πληρεξούσιοι και ο Ιω. Σφακιανάκης εκλέγεται σε 2 περιφέρειες, στο Μεραμβέλλο και στο Ηράκλειο.
Η πρώτη Συντακτική Συνέλευση των Κρητών συνήλθε στις 8/2/1899, πρόεδρο της εξέλεξε τον Ιω. Σφακιανάκη και στις 15/4/99 ψήφισε το Α΄ Κρητικό Σύνταγμα (το Β΄ ψηφίστηκε το 1907). Στη συνέχεια ο Ι. Σφακιανάκης αρνήθηκε την πρόταση του Πρίγκιπα Γεωργίου να αναλάβει Υπουργείο στην πρώτη κυβέρνηση της Κρητικής Πολιτείας και αποσύρθηκε από την πολιτική μέχρι και το 1924 που απεβίωσε.
Αναμφίβολα ο Ιωάννης Σφακιανάκης υπήρξε μια από τις κορυφαίες πολιτικές προσωπικότητες της Κρήτης στην κρίσιμη περίοδο της συγκρότησης της Κρητικής Πολιτείας και είναι τιμή για τον τόπο μας ότι κατάγεται, γεννήθηκε, μεγάλωσε και έζησε στο Βραχάσι Μεραμβέλλου. Ο Ιω. Σφακιανάκης είναι μια ιστορική μορφή παγκρήτιας, αλλά και πανελλαδικής εμβέλειας και αναλόγως αξίζει να τιμηθεί.
